在世间的另一个地方，居住着一群其他人，他们不是神，也不是人。每逢成人礼他们中十六岁的少年便化而为鱼，经过海天之门通往人间，玩游七日，返而归之。
观《大鱼海棠》不得不把《千与千寻》联系在一起。相似的画风、相似的动画手法、甚至对虚构世界的仪式感开端、人与其他物种之恋等等。尽管有如此多的相似，但这仅仅也只是《大鱼海棠》对其外围的参考和借鉴。而让《大鱼海棠》如此俘获人心的正是它无法复制的思想内核。
《大鱼海棠》主要角色名字的文学引用。庄子《逍遥游》里有一段话：北冥有鱼，其名曰鲲。鲲之大，不知其几千里也;化而为鸟，其名为鹏。鹏之背，不知其几千里也;怒而飞，其翼若垂天之云。是鸟也，海运则将徙于南冥。南冥者，天池也。于是叫做鲲的这条大鱼自然而然的成为了这部电影的核心角色。他大且长，能游能飞，成为了椿最心切的牵挂，而南冥和天池也在这样虚构的世界里浑然天成了。椿的名字也源于《逍遥游》里的一句话：上古有大椿者，以八千岁为春，八千岁为秋。椿在电影里的角色是在另一世界里掌管海棠的姑娘，死后化为海棠树，以八千岁春秋屹立不变，视为椿也。
《大鱼海棠》其它方面的文学引用。电影里椿的爷爷生前掌管百草，她的奶奶掌管白鸟，她的妈妈掌管海棠、灵婆掌管人死后的灵魂等等，这些角色的功能引用自《山海经》的医学、药物和神话传说。电影开端的成人礼仪式则引用了《山海经》里的名俗和祭祀。电影里天海合一的想象像极了中国神话《女娲补天》，对中国古籍和神话故事的糅合叠加使之成为了独一无二的表现形式。
《大鱼海棠》里掌管人间的这群“其他人”，生活居住的场景被设定在中国客家围楼这样的建筑群里。客家围楼又称土围楼，是客家人的传统居所，其形状有方形、圆形、半月形、椭圆形、八角形等15种类型。电影里椿的居所是圆形的，而湫的居所是方形，椿和湫中途和鲲一起停歇的居所则是碉楼式的，这种种的不同格式，反映的都是最具有客家人生活特点的场所，也是最具有中国特色的建筑样式。
《金刚经》是中国佛教最重要的哲学思想之一，《大鱼海棠》最核心的思想表现正是它把中国哲学揉进了整个电影里。生与死的界限、人与其它人的界限、天规的界限、都被一个叫作爱的东西统统打破了，爱使所有的相都相继成为了虚妄。鲲的纯净，椿的单纯和湫的笃定让善的执念越来越深，他们都不曾期许什么也没有刻意去苛求，仅仅用最通透的发心去做他们认为是对的事情，快乐的事情，一切如是所闻，一切又如梦幻泡影，他们甘愿品尝因果报应，甘愿为所爱的人付出生命。佛教的六道轮回在电影里被简洁的分为了好灵魂——鱼、坏灵魂——老鼠，灵魂的存在、保留和转世也被冥界里叫做灵婆和鼠婆的所掌管，可惜他们早已没有了初心，他们深谙世道，执着于相，孜孜不倦。
当然，也正如佛教哲学所言，生死不要妄自分别，于是电影的结尾椿用湫从灵婆那里交换的生命复活了，湫本是化作风雨却又接了灵婆的班开始掌管人类灵魂。鲲、椿和湫他们都曾死去，又因为彼此的舍得复活，他们心中的爱正像涅槃一般不生不灭，无生无死。孔子曰：“君子有三畏：畏天命，畏大人，畏圣人之言。”椿舍命救鲲，湫舍己成全，按理说都是违天之道，但别忘了，佛教哲学还告诉我们要相信奇迹，单纯的爱着让发心都变得尤为干净，正因为过去、现在和未来他们都不曾执着于得，于是奇迹变出现了。
椿及其母亲的交领左衽服装和鼠婆交领右衽大褂都是源于中国汉代，为汉服所独有的标志，椿母亲的发髻和鼠婆的发髻也是汉代最重要的女性服饰标志之一，椿爷爷的宽袖大褂也是汉代流行的男性服饰之一，灵婆的圆领衫起源于汉代盛行于唐代的长安，是当时男性的主要穿着服饰。