故事从1940年日军侵华战场开始，日本士兵久藏奸淫并杀害了许多中国妇女，他的结局是战争中四肢全部截断，半边面部被毁，失去说话能力和听觉的怪物，被送回乡下家里，成为人们敬仰的“活着的军神”。他的妻子茂子不得不承担了照顾军神的职责，按照村里的人们所说的，就是“通过照顾军神来效忠帝国”。军神虽然残废，但是食欲和性欲都出奇的旺盛，茂子白天农作，晚上回家照顾残废的久藏饮食起居并满足其性欲。第一次见到怪模怪样的丈夫而绝望的茂子，因为村人对“军神”的崇拜，反而心安理得，甚至有些洋洋得意。可是随着战争的加紧，农人的生活越来越困难，丈夫虽然残疾，但是对待她还和过去一样的残暴，对她嘶吼、唾口水、咬她，并无止境的所求粮食与性，即便妻子饿着肚子或者劳累也不顾。委屈的妻子用听战争宣传广播和一次次望着丈夫的荣誉勋章以及剪报自我安慰，甚至用板车推着丈夫外出，享受村人的羡慕与尊敬。这个活着的战神莫若说是军国主义谎言的化身，明明已经穷途末路，却以虚妄的“效忠”“为国奉献的荣耀”等等空洞的谎言和自身的残暴来欺骗与挟制妻子这样愚弱的民众，其实它完全是靠着愚弱民众的供养，如果有一天民众反抗，它只有死路一条而已。首先攻破帝国神话的，是战争带来的物质贫瘠，然后是军神谎言的空洞逐渐无法再控制妻子。她偶然也会悲愤“吃了睡，睡了吃，这就是军神的一切么，凭什么你是军神？”但她本身的思维已经被战争宣传禁锢住，很快就会道歉“对不起”。如果不是军神自己的崩溃，不知道她还要沉迷在谎言中多久。因为四肢皆废，他们做爱的姿态多是女上位，从来都是在妻子上方，并且任意毒打妻子的久藏因而产生幻觉，似乎自己变成了曾经被他强暴和虐待的中国女性与妻子。他开始恐惧，并逐渐精神崩溃。当他不再以军神自居，当他身上的光环随着时间流逝，恐怖战争造成的心理阴影一次次吞噬他。妻子看着他发狂的丑态，更对他不以为意，并且嘲笑他为芋虫，一种米里面的蠕虫。天皇宣布战败的时候，芋虫爬到池塘里结束了自己的生命。
这个故事的含义不言而喻，简单而浅显，可是作者还是在最后点了题。影片最后播放了广岛核爆的场面与日军和民众的死亡数据，还有战犯的绞刑画面，并配上这样的解说词：他们因为报效祖国而被宣判为战犯，他们被承认是为国效忠却还是被处以死刑。虚构的故事加上史实，只是为了说：“醒醒吧，那些为帝国效忠的话都是谎言，给人民带来了深重的苦难。” 这个简单的主题让我忍不住打冷颤，在战争过去半个多世纪之后，这样一个简单浅显的，我以为是常识的道理还需要通过一位激进的导演来向日本民众宣传，可见日本国内对待这段历史的态度扭曲到了怎样一个程度！二战的反思电影德国也拍了许多。就拿比较近的《朗读者》来说，它的反思层次不在“为纳粹效忠是不对的，纳粹是骗子，人民快清醒”，而是更为深层的人性拷问——简单的服从与不假思索的“敬业”态度会成为任何罪恶的温床——这是在除了纳粹之外，任何一个国家、体制下都有可能产生的悲剧，因此，这部电影也就具有更深刻的意义。我并不是批评《芋虫》的浅显，而是这种浅显的说明依旧在日本国内遭到极大的批评与阻力，认为导演是日本的耻辱，这也就说明了，电影里所批判的狭隘民族主义在日本国内依旧有很大的市场。就是这让我深深的震惊，而一时不知该如何应对这部影片。
虽然我们与日本国隔海相望，在上个世纪初，他们对我们的政治军事文化都产生过重要影响，而我们对他们的影响更是上溯到古代。可是我完完全全无法理解他们的文化。通过这部电影，更多关于日本文化里让人震惊的地方折射出来，不由我一边看一边想，这真是一部给日本人看的电影。比如男女关系。且不说丈夫四肢健全时对妻子的拳脚相加，在丈夫残废之后对妻子仍旧粗暴蛮横。我想到一个民国时代的故事。日军侵华的时候，宣传部门启用在中国长大的日本人李香兰与日本人合拍“中日亲善”的电影，让中国姑娘爱上日本男人。电影里日本人扇姑娘耳光，却引发中国姑娘更加爱日本人的镜头引起中国观众极度不满和厌恶，可是日本制作方却认为，在日本，丈夫殴打妻子是一种爱情的表示。电影散场的时候，我听到一个日本女观众在向一个西方男子解释“日本是一个男性主导的社会……”，我甚至无法想象这种主导会到一个什么程度，日本女性的地位到底怎样。当战后残疾的丈夫回到家里，我以为他会对妻子说一句“对不起，将来要辛苦你了”，可是他没有，当日后生活逐渐艰难，妻子对丈夫照顾有加，我以为他会对妻子说一句“真的很感谢你”，可是他从来只是索求。但是更让我震惊的，是所有民众对战争宣传谎言、对帝国效忠蛊惑的愚信。“民族主义”是上个世纪最复杂和危险的母题，遇到不同催化剂，会演绎出不尽相同，但同样惊人的效果。而“民族主义”遇到了日本文化中的什么，或是一个什么样的日本文化，会诞生出这样愚昧可怕的盲信与追随？莫非真的要原子弹这样的野蛮才能让这种愚昧吃到苦头，有所收敛？
值得一提的是，电影里有个疯子角色，他疯疯癫癫的，自然不能参战。他不在乎什么军神不军神，直到战争结束，他欢欣雀跃的四处奔跑宣告这个好消息。这个疯子，若松导演说，就是他自己，也是整部电影里唯一一个清醒的人。如果这部电影真的隐喻了日本社会的信仰系统结构，这是怎样一个可怕的事实！